NK-GIASを用いて作業を始めるときに開くファイルをプロジェクトファイルと呼びます。これは作業用の図面を保存するフォルダのようなものです。プロジェクトには、地理情報を保存した複数のテーマとそれを任意の座標系で重ねて表示するマップビューの他、レイアウト、時系列ビュー、リストビューが含まれます。効率的な仕事のためにも、保管している各種のデータ、図面にメモを付けて、その作成年月日や作成用途などを記入しておくと便利です。プロジェクト管理ウィンドウでは、個々のビューとレイアウトについて、メモを保存することができます。また、複数のファイルで一つのテーマが成立している場合（シェープファイルなど）や、非常に多くのテーマがプロジェクトに含まれる場合、マップビュー上のテーマと実際のファイルの関連が容易に見つからない場合がありますが、プロジェクト管理ウィンドウを用いて、テーマを構成しているハードディスク上のファイル名を確認することができます。
プロジェクト管理ウィンドウは左のプロジェクトツリーと右の属性表示小ウィンドウから構成されています。左のツリー上でセレクトしたテーマやビューの属性が右の小ウィンドウに表示されます。ツリーはマップビュー、レイアウト、テーマの３つの枝に分かれ、それぞれの下にプロジェクトに含まれるビューやテーマが表示されます。
① この部分はプロジェクトマネージャーと呼びます。プロジェクトに含まれるマップビュー、レイアウト、それにテーマの一覧がツリー形式で表示されます。ここに表示されているテーマはドラッグ＆ドロップにより任意のマップビューのビューマネジャーに登録することができます。
② この部分にはプロジェクトマネージャー中で選択中のマップビュー、レイアウト、テーマの属性を表示します。マップビューとレイアウトについてはメモを記入することができます。テーマについては、そのテーマを構成しているファイル一覧が表示されます。